空氣通過安全柜工作臺前窗口吸入，國家校準規范中要求最小的平均風速應不低于 0.51 m/s，經過高效過濾器處理后，氣流向下流動，有一小部分氣體是過濾的原有循環氣體，大部分氣體是新吸入經過過濾器過濾得到的補充氣體，原有的循環氣體大部分都通過排氣口高效過濾器過濾排放到室外，不再返回實驗室內。

Ⅱ級生物安全柜 B1 型適用于臨床、診斷、教學、研究，在該級別安全柜中開展有較高危險性病原體的試驗。

B2 型安全柜空氣通過安全柜工作臺前窗口吸入，國家校準規范中要求最小的平均風速應不低于 0.51 m/s，經過高效過濾器處理后，氣流向下流動，全部氣體都為經過過濾器過濾后新吸入的氣體，原有的循環氣體全部通過排氣口高效過濾器過濾排放到室外，不再返回實驗室內。Ⅱ級生物安全柜 B2 型適用于對生命有高度危險的病原或外源性病原。

Ⅲ級安全柜Ⅲ級安全柜為完全密封式生物安全柜，通過特制手套與柜子內部相連，能夠為實驗人員、實驗樣品、周圍環境等提供保護。實驗樣品的進入是通過雙門分動箱進入安全柜內。一般的Ⅲ級安全柜會配備雙排氣 HEPA 過濾器。